依漁船船員手冊編號開頭英文字母不同，共分為3種不同顏色封面的船員手冊，分別為NCF(藍色)、 NCB (棕色)及 NCA (綠色)。
(1)NCF藍色封面漁船船員手冊：係為91年7月1日之前初次申領漁船船員手冊者，申請換發時使用；或91年7月1日之後，完成漁業署辦理之基本安全訓練者，申請核發使用。
(2)NCB棕色封面漁船船員手冊：91年7月1日之後，完成漁業署辦理之小型漁筏基本安全訓練，申請核發使用。
(3)NCA綠色封面漁船船員手冊：91年7月1日之後，完成漁業署辦理之養殖用漁筏基本安全訓練，申請核發使用。