本市共有7個漁港，分別為安平、將軍、四草、下山、青山、北門及蚵寮漁港。
各漁港介紹分述如下：
- 安平漁港：位於安平區，建港歷史悠久，水路域廣闊，港區內有魚貨直銷中 心、遊艇碼頭、戀愛廣場等遊憩景點，且結合周邊著名之安平古堡、億載金城及德記洋行等古蹟，與歷史水景公園、觀夕平台等設施，為熱門之觀光遊憩據點。
- 將軍漁港：位於將軍區，港區廣闊、水域穩定，具備優良港灣條件，港區內有魚貨拍賣場、造船廠、船老大餐廳等多元規劃設施，亦臨近馬沙溝濱海遊憩區，為假日出遊的好選擇。
- 四草漁港：位於安南區，距鹿耳門溪出海口約600公尺，屬於河口港，漁業型態為牡蠣養殖及沿岸漁撈。99年獲選為第二屆十大魅力漁港「生生不息」之獎項，走進漁港內，即可深刻感受到漁業發展之蓬勃和漁民的生命力。
- 下山漁港：位於七股區，除傳統漁港功能外，因本港為距離七股潟湖最近之漁港，娛樂漁筏光觀業發展蓬勃，航行於七股潟湖內，可以看到大片的蚵架，漁民們採收的作業情形，沙洲上整齊地生長著木麻黃，美麗的景物映在波光粼粼的湖面，美不勝收。漁港周邊亦有海產料理店家，提供當地美味小吃，一飽口福。
- 青山漁港：位於將軍區，以魚貨拍賣場聞名，每到中午時分，新鮮漁貨一簍一簍等著饕客喊價購買，場面壯觀、人聲鼎沸。號稱青山三寶的蝦干、虱目魚背魚柳及烏魚子，風味獨特。
- 北門漁港：位於北門區，位處寧靜漁村內，以淺海養殖漁業（牡蠣）為大宗，每年農曆8-9月吊蚵苗，12月分苗，第二年8-9月收成，遠眺懸掛在近海中的牡蠣田，是當地的著名的秘密美景。除了牡蠣外，近海漁業流刺網之捕撈也頗發達，捕抓包含花蟹、三點蟹、白鯧魚等水產，秋季正是蟹類最飽滿鮮美的時節。
- 蚵寮漁港：位於北門區，雖為小漁港，但位於雲嘉南濱海國家風景區內，連結附近人文、宗教、鹽田及汐湖等特色，且臨近南鯤鯓代天府、臺灣烏腳病醫療紀念館、井仔腳瓦盤鹽田及王爺信仰文化館等觀光景點。