安平漁港
1.依據漁港法規定，漁船以外之船舶進出漁港應經漁港主管機關同意(繫泊亦同)，安平漁港主管機關為行政院農委會漁業署。依據漁業署委託計畫合約規定，授權本所審查同意。
2.進出港及泊位申請，需填具「漁船以外船舶進出港申請書」，本國籍船舶應檢附船舶證明正反面影本(檢丈日期未逾期)，外國籍船舶應檢附舶舶證明、航港局之進出港申報單及特許函(載明安平漁港)等影本，逕送安平漁港管理中心受理並指泊席位，倘暫無席位或無適當席位，可受理預約申請。
3.新建船舶及其它等，視個案不同，專案審查辦理。
將軍漁港
1.依據漁港法規定，漁船以外之船舶進出漁港應經漁港主管機關同意(繫泊亦同)。將軍漁港主管機關為臺南市政府。
2.攜帶相關船舶文書資料至漁港管理中心填寫「漁船以外船舶進出港申請書」，經核准後使得進港停泊(船隻遇海難或颱風緊急避難不在此限)。
3.停泊期間依漁港基本設施使用管理費收費類目繳交漁港管理費，停泊期限屆滿即需離港。
4.長期停泊者因漁港建設需要或船隻泊靠有妨礙漁港安全及管理者，管理機關將通知移泊或廢止同意。