(1)市府訂有「臺南市浮筏式牡蠣養殖管理規範」，總量管制浮筏式牡蠣養殖漁業數量，適度調整漁業結構，促使該產業永續發展。管制措施如下：
1.不再核發經營「養殖漁業作業船」漁業之漁筏漁業執照，管控可申請從事浮筏式牡蠣養殖漁業人數量。
2.漁業人年度申請核准放養蚵棚數量，以申請年往前3年度申請核准之最高放養棚數為限；倘無之前核准資料，或申請核准放養棚數未達60棚者，以60棚為限。
3.申報放養蚵棚實際回收率，連續2年未達80%者，新年度申報核准放養蚵棚數，以8折核定；連續3年未達100%者，新年度申報核准放養蚵棚數，以9折核定。並取消其異動增加放養棚數資格。
(2)漁業人申請核准放養蚵棚數後，由南市區漁會發放相對數量之養殖登記標誌，請漁民明顯標示於放養蚵棚上。並由市府與南市區漁會共同組成巡查小組，出海巡查外海養殖蚵棚，發現未標示登記標誌之蚵棚，通知限期改善，逾期未改善者，依「臺南市淺海牡蠣養殖管理自治條例」處分，或視同廢棄物處理。