民國82年5月29日行政院農業委員會(簡稱農委會)依據漁港法公告指定青山漁港為第三類漁港，主管機關為臺南縣政府；民國95年1月27日漁港法再次修訂，將台灣地區漁港類別由四類修改為二類，民國95年6月6日農委會（農漁字第0951340666號）公告指定青山漁港為第二類漁港，主管機關仍為臺南縣政府；99年12月25日臺南市及臺南縣市合併為直轄市，原臺南縣經管之漁港依法歸臺南市政府，故目前青山漁港之規劃、建設、經營、管理及漁港區域之劃定，主管機關為臺南市政府。