民國86年8月27日行政院農業委員會(簡稱農委會)依據漁港法公告指定四草漁港為第三類漁港，主管機關為臺南市政府(簡稱貴府)；民國95年1月27日漁港法再次修訂，將臺灣地區漁港類別由四類修改為二類，民國95年6月6日農委會（農漁字第0951340666號）公告指定四草漁港為第二類漁港，主管機關仍為臺南市政府，有關漁港之規劃、建設、經營、管理及漁港區域之劃定，依法主管機關為臺南市政府。