將軍漁港原名「中心漁港」，民國86年由行政院農業委員會公告正名為「將軍漁港」，指定為第二類漁港(農漁字第86149548號函)，因漁港法修訂，調整為第一類漁港，並委託台南縣政府管理。民國95年11月30日改列為第二類漁港(農漁字第0951232571號公告)，移交台南縣政府管理(民國99年12月25日台南縣市合併升格為直轄市)。